In het museum zijn diverse interessante collecties te zien, o.a.:
Archeologie, vondsten vanaf het mesolithicum (midden-steentijd), waaronder het oudste menselijk schedeldak van de provincie Gelderland (de Hummelo-I mens). Daarnaast uitgebreid aandacht voor de resultaten van vele jaren archeologisch onderzoek in de historische binnenstad.
Verzameling resten van pleistocene zoogdieren (o.a. mammoet, wisent) uit de IJssel bij Doesburg en omgeving.
Objecten betreffende religie en openbaar bestuur.
Unieke werkende Doesburgse tabakskerverij uit 1894.
Collectie keramiek van Theo (T.A.C.) Colenbrander (Doesburg, 1841-Laag-Keppel, 1930), alsmede een van zijn wandtapijten in de speciale Theo Colenbrandersalon.
Verzameling Doesburgs zilver van o.a. Gerrit Christoffel Fels (1746-1828).
Een deel van de unieke vondst van 772 zilveren munten (Doesburg, 1986).
Uitgebreide collectie aardewerk van Pottenbakkerij "De IJsel" te Doesburg (1841-1969).
Veel aandacht voor handel en bedrijvigheid tussen 1850 en 1950, o.a. een compleet ingerichte kruidenierswinkel uit 1890/1935.
Maquette van de laatste Nederlandse schipbrug over de IJssel bij Doesburg, vervangen in 1952.
Een unieke verzameling zeer fraai beschilderde 18e eeuwse leren brandemmertjes uit Doesburg.
Galerij van beroemde Doesburgers.
Uitgebreid aandacht voor Doesburg als vestingstad.
Galerij schilderijen/stadsgezichten van Doesburgse.
Hiernaast vinden er jaarlijks een aantal wisselende exposities plaats. In de afgelopen jaren waren, naast enkele kleine exposities, o.a. de onderstaande tentoonstellingen in het museum te zien:
2014 / 2015
”Kastelen en adellijke huizen langs IJssel en Oude IJssel”
2015 / 2016
”Gemaakt in Doesburg”
2016 / 2017
”Doesburg en de stoomtram, 1881-1957”
2017 / 2018
”De IJssel”
2018 / 2019
”De IJssel als strijdtoneel”
2019 / 2020
”Hessenwegen en Kiepkerels in de Achterhoek”
2020 / 2021
”Doesburg in de Tweede Wereldoorlog”