In het museum zijn diverse interessante collecties te zien, o.a.:

• Archeologie, vondsten vanaf het mesolithicum (midden-steentijd), waaronder het oudste menselijk schedeldak van de provincie Gelderland (de Hummelo-I mens). Daarnaast uitgebreid aandacht voor de resultaten van vele jaren archeologisch onderzoek in de historische binnenstad.
• Verzameling resten van pleistocene zoogdieren (o.a. mammoet, wisent) uit de IJssel bij Doesburg en omgeving.
• Objecten betreffende religie en openbaar bestuur.
• Unieke werkende Doesburgse tabakskerverij uit 1894.
• Collectie keramiek van Theo (T.A.C.) Colenbrander (Doesburg, 1841-Laag-Keppel, 1930), alsmede een van zijn wandtapijten in de speciale Theo Colenbrandersalon.
• Verzameling Doesburgs zilver van o.a. Gerrit Christoffel Fels (1746-1828).
• Een deel van de unieke vondst van 772 zilveren munten (Doesburg, 1986).
• Uitgebreide collectie aardewerk van Pottenbakkerij "De IJsel" te Doesburg (1841-1969).
• Veel aandacht voor handel en bedrijvigheid tussen 1850 en 1950, o.a. een compleet ingerichte kruidenierswinkel uit 1890/1935.
• Maquette van de laatste Nederlandse schipbrug over de IJssel bij Doesburg, vervangen in 1952.
• Een unieke verzameling zeer fraai beschilderde 18e eeuwse leren brandemmertjes uit Doesburg.
• Galerij van beroemde Doesburgers.
• Uitgebreid aandacht voor Doesburg als vestingstad.
• Galerij schilderijen/stadsgezichten van Doesburgse.